物流工程學院由機械工程系、工業工程系、電氣自動化系和機械工程設計研究所、電力傳動與控制研究所、港口集裝箱技術發展研究所組成。物流工程學院現擁有1個博士后流動站，1個博士點，8個碩士點，7個本科專業，可向海外招收留學生。港口機械電子工程、港航電力傳動與控制工程、物流管理與工程學科是上海市重點學科。物流工程專業、機械設計制造及其自動化專業屬上海市高校教育高地重點建設項目，機械設計制造及其自動化專業是國家級特色專業。
物流工程學院堅持學科建設以港航企業的技術創新為出發點，人才培養以港航企業的發展需要為目標的方針。學院具有雄厚的師資力量及教學科研能力，擁有正教授23名，其中上海市名師2名，全國優秀教師1名，上海市勞動模范1名。學院與上海國際港務集團、振華重工、上海汽車集團、施耐德電氣中國有限公司等許多著名企業有長期的產學研合作關系，與美國、新加坡、荷蘭、日本、加拿大學、韓國等國外和香港著名高校有教學協作關系。
物流工程學院以物流工程為特色，加強機電合一，以培養應用、復合型技術人才為目標，注重教學質量，畢業生受到用人單位的歡迎，畢業生就業率連年保持在96%以上。
機械類（大類招生）（機械類 理工 四年）
機械類包括機械設計制造及其自動化、機械電子工程（港口機械）兩個專業。以港口物流機械為特色，培養具有良好的道德修養、敬業精神、扎實的機械和相關學科專業知識及其應用能力，受企業歡迎的機械工程技術人才。
機械類學生第一年不分專業，第二年以先滿足優秀生志愿為原則分配專業，機械高等制造及其自動化專業主要面向裝備制造業，機械電子工程主要面向大型港口的機械裝備維護。
主要共同課程：機械制圖、計算機輔助制圖、理論力學、材料力學、機械原理、機械設計、電工技術、電子技術、C語言。
機械設計制造及其自動化
培養具有機械設計制造及自動化基礎知識與應用能力，能從事物流裝備的設計制造、科技開發、安裝調試、應用研究、運行管理等方面的工程技術人才。本專業學生學習機械設計、制造、自動控制方面的基礎理論、基本技術和有關物流裝備的設計制造方法，受到現代機械工程師的基本訓練，到三年級分為兩個專業方向：物流裝備和先進制造技術。
主要課程：基礎課程有機械工程材料、機械控制工程基礎、機械制造基礎、微機原理及應用、CAD/CAM、測試技術等。專業課以物流裝備的設計、先進制造技術為主。通過專業課的學習，加深對技術基礎課的理解，掌握基本的專業知識，并了解其發展趨勢。
就業方向：學生畢業后主要面向機械裝備備制造企業從事裝備設計開發、制造、設備的規劃選型與調試安裝和生產組織等工作。
機械電子工程（港口機械）
機械電子工程專業是綜合機械、電子、控制技術為一體的工程技術專業。培養具有現代港口機械系統設計、控制基礎知識與應用能力，能在機電控制領域內從事設計與技術開發、應用研究、運行管理等方面工作的、具有創新精神的復合型工程技術人才。本專業建立了以機械設計、電工技術、控制技術、計算機應用技術及相應實踐環節和綜合應用為主體的綜合課程體系，充分體現了機械、電子、控制、計算機等多學科知識相互融合，基礎理論與工程應用密切結合的現代技術教育特征。
主要課程：控制工程基礎、微機原理及應用、傳感器與檢測技術、機電傳動控制、可編程控制器、機電一體化導論、機電控制系統等。
就業方向：學生畢業后就業主要面向大型港口，從事港口機械裝備的設計開發、運行管理等技術工作。
工業工程（管理科學與工程類 理工 四年）
本專業培養具備現代化工業工程和系統管理等方面知識、素質和能力，實現工程技術與企業管理有機結合，能在工商企業從事生產、經營、服務等管理系統的規劃、設計、評價和創新工作的專門人才。
主要課程：工程制圖、工程力學、機械設計基礎、機械制造基礎、先進制造技術、人機工程學、企業管理、技術經濟學、設施規劃與物流分析、運籌學、生產系統計劃與控制、質量管理與可靠性、管理信息系統等。
就業方向：學生畢業后可在工商企業從事經營系統、生產系統的規劃、設計、評價、創新和決策咨詢工作。
物流工程（交通運輸類 理工 四年）
本專業培養從事現代物流技術應用開發、策劃，物流系統設計、管理、營運，物流企業的管理、規劃、生產、經營和銷售、計算機網絡物流信息傳輸技術及物流信息系統開發維護，具有跨越工學、管理學兩類學科的復合型專門技術人才。使學生具備一定的現代物流系統設計和現代物流技術應用開發能力，又了解一定的現代物流管理理論與方法，系統掌握物流系統工程集成技術并具有一定綜合運用能力。
主要課程：工程力學、電工技術、電子技術、機械設計基礎、運籌學、管理學、物流學、人機工程、計算機網絡與通信、物流管理信息系統、設施規劃與設計、物流中心規劃與運作、生產計劃與控制、物流機械設備、物流系統仿真。
就業方向：學生畢業后主要從事工商企業、交通運輸行業和物流相關部門的社會物流、生產物流和綠色物流方面的工程策劃、倉儲、配送、裝卸等工程技術設計、裝備選型與開發應用、管理和營運等工作。
電氣工程及其自動化（電氣信息類 理工 四年）
本專業培養能夠從事與電氣工程有關的系統運行、自動控制、電力電子技術、信息處理、試驗分析、研制開發、工程管理以及電子與計算機技術應用等領域工作的寬口徑復合型工程技術人才。
主要課程：電路原理、電機學、電子技術基礎、自動控制原理、計算機控制系統、微機原理與接口技術、電力電子技術、控制儀表、電力拖動控制系統、供配電系統、網絡與通信等。
就業方向：學生畢業后，主要從事大型港航企業、海洋工程、造船企業、港機制造企業以及現代化船舶的電氣工程與自動化方面的運行管理、維修改造和開發研究工作,并能適應港口和工廠電氣工程及自動化方面的管理工作。
自動化（電氣信息類 理工 四年）
本專業培養能夠在運動控制、過程控制、電力電子技術、檢測與自動化儀表、電子與計算機技術、信息處理、管理與決策等領域從事系統分析、系統設計、系統運行、科技開發及研究等方面工作的工程技術人才。
主要課程：電路原理、電子技術、微機原理及接口、計算機軟件技術基礎、電機與電力拖動基礎、電力電子技術、自動控制理論、信號分析與處理、控制儀表、控制系統仿真、計算機網絡與通信、過程控制、計算機控制系統、集散控制系統、船舶控制系統、PCL原理及應用等。
就業方向：學生畢業后，主要從事現代企業生產和管理的自動控制、計算機系統集成技術、船舶自動化技術、交通運輸自動控制系統等方面的設計、管理維護工作。
測控技術與儀器（儀器儀表類 理工 四年）
本專業培養具有自動化儀表與裝置的設計、制造以及測量與控制方面的基礎知識和應用能力，掌握測量與控制領域內（特別是涉及港航和船舶系統）的有關技術，具有儀器與系統的設計、開發、應用研究、運行管理等方面能力的工程技術人才。
主要課程：電路原理、電子技術、自動控制原理、微機原理及接口、信號與系統、檢測技術與傳感器、測控電路、誤差理論與數據處理、測量總線與虛擬儀器、光電檢測、控制系統仿真與CAD、PLC原理與控制、過程檢測與監控系統、儀器儀表電子技術等。
就業方向：學生畢業后，主要從事航運和物流工程領域中的信息處理、測控、智能儀表和機電一體化等方面的設計、開發、應用研究與運行管理工作。
中荷機電工程學院
經教育部2006年批準，上海海事大學與荷蘭澤蘭德大學（Hogeschool Zeeland）合作舉辦機械電子工程專業和電氣工程與智能控制專業兩個本科教育項目。中荷機電工程學院，承辦這兩個中荷合作本科專業項目。
荷蘭澤蘭德大學是荷蘭公立的應用科學大學，以工科和商科專業見長，設24個學士學位專業和4個碩士學位專業，在荷蘭乃至整個歐洲有良好的聲譽。
中荷合作的這兩個本科專業由上海海事大學和澤蘭德大學共同制定教學計劃，兩校的教師授課，基本采用國外教材，最后一年可到澤蘭德大學學習。
學生完成教學計劃后除可獲得上海海事大學的畢業證書和中華人民共和國學士學位證書外，還可獲得澤蘭德大學的課程證書，畢業后可到歐洲繼續深造或到歐洲企業就業。
機械電子工程（機械類 理工 四年）
機械電子工程專業是綜合機械、電子、控制技術為一體的工程技術專業。培養具有現代機電產品和系統設計、控制基礎知識與應用能力，能在機電控制領域內從事設計與技術開發、應用研究，在企業負責設備運行管理和維護等方面工作的、具有創新精神和良好的英語溝通能力的復合型工程技術人才。
主要課程：電路與電子技術、機械設計基礎、工程材料與檢測技術、機械制造技術、控制工程基礎、微機原理及應用、傳感器與檢測技術、機電傳動控制、可編程控制器、機電一體化導論、機電控制系統、設備管理信息系統等。
就業方向：學生畢業后可到各類企業特別是外企、政府有關管理部門從事機電產品和系統的設計開發、運行管理、商務貿易等工作。
電氣工程與智能控制（電氣信息類 理工 四年）
本專業培養能夠在工業企業運動控制、過程控制、供電技術、檢測與自動化儀表、信息處理等領域從事系統分析、系統設計、系統運行維護、科技開發等方面工作的具有創新精神和良好的英語溝通能力的復合型工程技術人才。
主要課程：電路與電子技術、機械設計基礎、微機原理及接口、電機與拖動基礎、自動控制理論、傳感器與檢測技術、設備信息管理系統、智能化控制系統、液壓與氣動等。
就業方向：學生畢業后，主要從事現代企業特別是外企的生產和管理的自動控制、電氣設備的系統控制和運行維護等方面的工作。