上海海事大學交通運輸學院作為全國最早創立交通運輸工程專業及第一批碩士點院校之一，積累了半個多世紀的人才培養與科學研究的豐厚經驗，逐步發展成為我國交通運輸（水運管理）領域內的人才培養和科學研究基地。
目前，學院學科體系完整，人才培養層次齊全，現擁有交通運輸規劃與管理博士學位授予權，交通運輸規劃與管理、交通運輸工程2個碩士授予權及交通運輸、航運管理、物流管理、交通工程4個本科專業，在校各類學生達2600余人。其中交通運輸規劃與管理學科先后被國家教育部和上海市批準為國家重點（培育）學科和上海市重點學科。物流管理、航運管理專業入選國家級特色專業。交通運輸、航運管理、物流管理被列為上海市本科教育高地。
學院擁有一支結構合理、實力雄厚的師資隊伍，共有教師57名，其中教授12人（含博導6人），副教授19人。教師中已具有博士學位和正在攻讀博士學位的教師人數占學院教師總數的72%。
學院大力開展科學研究，重視企校合作。目前建有虛擬現實實驗室、水運系統決策技術與評價重點實驗室、現代港口綜合實驗室、數字物流實驗中心實驗室、交通工程實驗室、FFA實驗室等科研平臺，科研成果豐碩。
學院早在1983年就與亞太經社會合作培養航運經濟研究生班。近年又與世界海事大學、西澳大利亞大學合作舉辦了國際航運與物流、物流工程與管理中外合作研究生培養項目，并與香港理工大學、美國馬薩諸賽州海運學院等建立了互換學者及學生的交流機制。