會計學院是南京財經大學規模最大、辦學歷史最為悠久的院(系)之一。早在1962年就設立了財會專業。1981年成立會計系并開始招收財務會計專業本科生，系江蘇省第一個會計本科專業點。2000年，在原南京經濟學院、江蘇高等財經�？茖W校和江蘇省經濟干部管理學院三校會計系的基礎上合并重組為會計學院。50多年來，學院“會天下才俊，計世上財富”，實現了跨越式的發展，已成為江蘇省中高級財會專業人才的重要培養基地。
學院現有會計學碩士、會計碩士、資產評估碩士3個，會計學、財務管理、審計學、資產評估等本科專業4個。其中，會計學專業為江蘇省首批品牌專業，2009年入選國家級高等學校特色專業建設點，會計學學科為江蘇省優勢學科，財務管理專業為省特色專業、校級品牌專業。會計學和審計學專業自2005年起在江蘇列入一本招生。全院現有在校學生4000余人(其中研究生500人)。學院設有會計學系、財務管理系、審計學系、資產評估系、會計實驗中心、ACCA教育中心、CMA教育中心、會計與財務研究院等教學科研機構，專任教師73人，其中教授15人，副教授43人，講師15人，博士37人。已形成一支結構合理、經驗豐富、科研能力強的師資隊伍。
學專業依托江蘇高校優勢學科(工商管理優勢學科)和江蘇高校協同創新中心(現代服務業協同創新中心)，以授予博士學位的服務國家特殊需求人才培養項目為產學研一體化的引領平臺，全面深化專業教學的綜合改革，在專業建設方面取得了顯著成效。學院的會計學、財務管理、審計學、資產評估4個本科專業是“十二五”江蘇省重點專業類建設的核心專業(2012)，獲得教育部“十二五”專業綜合改革項目(2013)、國家商務部財務總監(CFO)合作培養項目(2012);擁有財政部資產評估人才培養基地(2012)、國家級經濟管理實驗教學示范中心(2013)、江蘇省高校工商管理類應用型人才培養模式創新實驗基地(2008)、江蘇省高校會計實驗教學示范中心(2008)、江蘇省教科系統“工人先鋒號”會計學教學團隊(2011)以及江蘇省商務廳現代培訓基地(2011)等。學院建立了ACCA和CMA國際會計職業資格教育中心;與英國�？巳卮髮W(University of Exeter)、南安普頓大學(University of Southampton)、哈德斯菲爾德大學(University of Huddersfield)、美國加州大學河濱校區(University of California, Riverside，UCR)、美國加州大學伯克利校區(University of California, Berkeley，UCB)、美國內華達大學( University of Nevada )和澳大利亞堪培拉大學(University of Canberra)等開辦了多個國際合作交流項目。
學院在人才培養質量與教學成果方面，獲得江蘇省高校優秀教學成果一等獎1項;江蘇省高校人才培養模式創新實驗基地1項;國家級規劃教材1部、省級規劃教材2部、江蘇省高校精品課程3門;江蘇省本科高校青年教師教學競賽(人文社科組)一等獎1項、江蘇省高校首屆微課教學比賽獎2項。獲得中國大學生“挑戰杯”創業計劃大賽國家獎2項、全國大學生實踐創新訓練計劃國家獎5項。2006年以來，每年都有會計學專業學生在ACCA和CMA國際會計職業資格課程考試中獲得世界第一名或大陸第一名的高分和優異成績。
經過50多年的培育和建設，南京財經大學會計學院辦學已經形成了鮮明的人才培養特色，現已成為江蘇省內一流、全國具有較高知名度的會計學專業人才培養基地。由武書連主持的廣東科學管理學院課題組整理的2015高考志愿填報指南《挑大學選專業》的排行榜顯示：在全國開設會計學專業的390所大學中，南京財經大學會計學專業排名第36名(A級)，江蘇省內省屬高校排名第1名，專業綜合實力處于全國前10%。
展望未來，學院將依托學校多學科交融的辦學平臺，以會計學為主體，以財務管理、審計學為兩翼，資產評估為補充，以本科素質教育為重心，高起點的研究生培養為突破口，立足長江三角洲，面向全國，注重信息化、國際化，打品牌、抓特色、出成果，努力把南京財經大學會計學院建設成為同類學科中省內一流、國內有競爭優勢的教學研究型學院。