為適應中國經濟結構戰略性調整對軟件人才的迫切需要，實現我國軟件人才培養的跨越式發展，支持天津濱海新區的開發和開放， 2001 年 8 月南開大學開始籌建軟件學院， 于2002 年1 月正式成立國家示范性軟件學院。南開大學軟件學院是教育部和國家發展計劃委員會批準成立的首批國家示范性軟件學院之一。
按照南開大學建設世界一流大學的總體規劃，軟件學院充分利用南開大學的綜合資源，以創 “國際先進、國內一流 ” 的軟件學院為目標，秉承南開大學 “ 允公允能，日新月異 ” 的校訓，堅持求真務實、開拓創新、共享合作，為國家和地區經濟的轉型、升級，培養急需的高層次軟件人才。
軟件工程學科與計算機科學與技術學科都源自于南開大學數學。，經近三十年的發展，目前已經形成較為完整的學科體系和特色鮮明的發展模式。在前期，軟件工程依托計算機科學與技術學科發展。2011年，南開大學軟件工程學科成為首批獲批的軟件工程一級學科。軟件工程學科建設指導思想是：行業引導，帶動學科交叉、人文科技融合，解決科學與工程領域的前沿課題。軟件工程學科已經建立了包括軟件工程本科、碩士和博士的完整人才培養體系，為國家和天津市的發展培養了大批高素質人才。2013年，軟件工程學科入選天津市重點學科。
軟件學院擁有一支研究方向穩定、創新協作能力突出的高素質學術隊伍。現有教師25名，45歲以下的教師全部擁有博士學位，合理的人才梯隊結構為學院的長遠發展提供了有力的支撐。近年來，在智能信息處理、管理信息系統、軟件工程與軟件方法學、嵌入式軟件與信息安全、圖形圖像處理等方面取得了一批國際水準的研究和產學研成果。“十一五”期間，共承擔國家級、省部級重點、國際合作等各類科研項目37項，項目經費1248萬元，獲得包括錢偉長中文信息處理獎，天津市科技進步二、三等獎等省部級獎勵3項以及專利金獎等諸多獎項。共發表論文289篇，其中 SCI、EI、ISTP收錄183篇。發明專利11項，美國專利1項。
軟件學院重視與國內外研究機構緊密合作和學術交流，目前，已經連續協助舉辦了四屆(天津)國際軟件測試大會;有2名博士研究生獲“微軟學者獎”。同時，多名教師在天津市和濱海新區掛職，為地方科技發展和產業規劃建言建策，提供智力支持。首任院長黃亞樓教授目前兼任濱海新區科委主任，直接服務于濱海新區的開發和開放。
目前，以南開大學新校區建設為契機，軟件學院正在規劃全新的發展藍圖，力爭經過若干年的建設，逐步建成規模適度，特色鮮明，“國際先進、國內一流 ” 的軟件學院，使南開大學軟件學院成為我國和天津市軟件行業高層次創新、創業人才培養基地。
南開大學軟件學院招生專業及代碼
083500軟件工程
085212軟件工程(專業學位)