自動化學院的歷史可追溯到1953年“哈軍工”時期，它是在“哈軍工”時期的“海道測量”和“船電”兩個專業的基礎上發展壯大起來的。自動化學院是我校教學和科研的支柱骨干單位之一，設有“自動化”、“測控技術與儀器”、“電氣工程及其自動化”、“探測制導與控制技術”、“生物醫學工程”5個本科專業，具有“控制理論與控制工程”、“導航、制導與控制”、“模式識別與智能系統”、“檢測技術與自動化裝置”、“電力電子與電力傳動”、“電力系統及其自動化”、“精密儀器及機械”、“生物醫學工程”、“機械電子工程”9個碩士學位授予權，具有“控制理論與控制工程”、“導航、制導與控制”、“精密儀器及機械”3個博士學位授予權，具有一級學科“控制科學與工程”博士后科研流動站、2001年“導航、制導與控制”學科被評為國家級重點學科。在國家“十五”“211工程”部門預審和立項中，“控制理論與控制工程”、“導航、制導與控制”兩學科被列為重點建設學科，投資建設經費達2300萬元，目標是達到國際先進水平。
該學院現有教師136人，教授和研究員32人(其中博士生導師19人)，副教授和高級工程師39人。有40%的教師曾赴美國、德國、加拿大、英國、瑞典、日本等國家學習、進修或合作研究。
該學院具有雄厚的科研實力和科研特色。近年來，獲國家級科技獎12項，省部級獎50多項。其中艦船減搖控制技術、微機組合導航技術達到國際先進水平，處于國內領先水平。在國內外刊物及學術會議上發表學術論文600余篇，其中國際學術刊物或會議論文70余篇，國家級學術刊物250余篇，出版學術著作50余部。
該學院已為國家培養本科生3100余人，研究生485人，其中絕大部分已成為國家經濟建設、國防建設、科學研究和高等教育等方面的骨干。目前在該學院就讀的本科生有1972人，碩士研究生305人，博士研究生134人，博士后研究人員11人。
該學院的學生除可獲得學校獎學金及“特困生資助金”外，學院還設立了多種鼓勵學生學習的獎勵基金。學生學習風氣濃厚，每年有約40%的學生保送或考取碩士研究生。1998年以來，該學院已有11名本科生被派往日本學習。