環境科學與工程學院前身可追溯到上個世紀七十年代，在著名水利科學家張書農先生的倡議下，經國家水利部批準成立的河海大學環境水利科學研究所。 1988年成立河海大學環境工程系;1994年與當時的環境水利科學研究所合并成立環境科學及工程學院;1995年與水資源水文系合并成立水文水資源及環境學院;2002年調整為環境科學與工程學院。經過二十多年的建設發展，環境科學與工程學科已經成為全國實力較強和特色明顯的學科之一。
學院設有環境工程系、市政工程系、水力學與流體力學中心、化學中心、環境水利科學研究所、固體廢棄物研究中心、環境工程研究所、環境科學與工程實驗中心等機構，同時負責建設和管理教育部淺水湖泊綜合治理與資源開發重點實驗室。
學院擁有環境科學與工程一級學科博士學位授予權，環境工程、環境科學、景觀生態學、市政工程、水力學及河流動力學等5個二級學科博士學位授予權，環境工程、環境科學、景觀生態學、市政工程、水力學及河流動力學、流體力學等6個碩士點，并設有環境科學與工程一級學科博士后流動站，環境工程為江蘇省重點建設學科。
學院現有兩個本科專業即環境工程專業、給水排水工程專業。
全院現有教職工70名，其中：“高等學校教學名師”1名，博士生導師11名，教授(含研究員)19名，副教授(含副研究員)12名，具有博士學位教師23人。
在校本科生800余名，博士、碩士研究生310余名。
近五年來，學院深入開展教育教學改革和科學研究。獲得國家級教學成果二等獎;國家級精品課程;“環境工程”專業被列為省級特色專業建設點。學院先后承擔了國家“973”“863”重大科技項目、國家自然科學基金項目和省部級直接服務于國家經濟建設的重大科研任務等200余項，年均科研經費2000余萬元。部分研究成果處于國際先進水平和國內領先水平。在國內外具有明顯的學科優勢和廣泛影響，獲得國家級、省部級以上獎18項，出版專著與教材20余部，發表學術論文300余篇。