北京中醫藥大學體育教學部工作以《全國普通高等學校體育課程教學指導綱要》和《教育部關于進一步加強高等學校體育的意見》為指導，全面實施《學生體質健康標準》。在上級領導和主管校領導的統一領導下，能夠以人為本，牢固樹立“健康第一”的指導思想，本著“銳意改革，勇于創新，突出特色”的工作思路，努力推動學校體育教學工作的開展。
體育教學部是學校的直屬單位，是在學校主管領導直接領導下的學校體育教學工作的職能部門。目前體育教學部正按照教育部和北中醫自身特點的要求，承擔全校學生的體育教學、課外活動，校內校外體育競賽的培養任務。體育教學部現有教職工24人，專任教師 21人，教學秘書1人，教輔2人。其中黨員10人，其他黨派2人，專任教師中碩士6人，在讀碩士3人，8名教師已通過了研究生的課程學習，有高級職稱教師5人，講師8人，助教8人，他們當中有多人是國內武術、足球、健美操等領域里有較大影響的教師。目前體育教學部在職部分教師曾獲 “北京市優秀教師”、“北京市青年骨干教師”、“北京市群體先進個人”、“北京中醫藥大學優秀黨員”、“北京中醫藥大學學生最喜歡的老師”、“北京中醫藥大學教書育人先進個人”、“全國大學生武術錦標賽優秀教練員”、“北京市高校十佳優秀教練員”、“全國大學生武術錦標賽優秀裁判員”、多名教師在全國高校、全國中醫藥院校和北京市高校體育科學論文報告會上獲“一、二、三等獎”大十余項。