日本使領館向前往日本學習的自費留學生簽發的簽證有兩種：一種是4-1-16簽證，一種是4-1-16-3簽證。
4-1-6簽證：對象為申讀高等院校的自費留學生，這種學生在日本通常被稱為正式留學生，獲這種簽證的居留期通常為1年、6個月或3個月。
4-1-16-3簽證：對象為就學生，即那些自費到日本留學，因語言純熟程度不符合要求，不能直接升入各大學學習而先進入語言學校學習日語的外國學生(包括其他技藝學校的學生)，他們不是正式留學生。
日本留學簽證 國內成績很重要
很多申請人都誤認為，反正要出國留學，國內成績就無所謂了。其實，日本的東京、橫濱等很多地方，已經強化了對留學生成績的考核。很多院校會以留學生在國內的成績，來判斷學生的學習能力。
日本留學簽證 在留資格認定證書
有在留資格認定證明書，未必就能拿到留學簽證。簽證官在決定簽證的時候，會非常關注申請人的日語學習能力和學習意志，以下列出最易被拒簽的三種情況：
a、基本的日語日常會話不過關，很難使簽證官相信其有能力在日本學習;
b、沒有明確的學習目的，只是以留學為借口到日本打工，很容易被簽證官拒簽;
c、沒有充分的經費證明，使得簽證官懷疑其在日本留學的經濟能力，從而遭到拒簽。
赴日留學簽證銀行存款證明雖然沒有存款時間長短的限制，但在申請“在留資格認定證明書”和申請簽證時都要被參考。