1) 正規課程(碩士、博士)
有不少大學院僅根據書面資料進行審查。不過一般來說，抵達日本后需要再參加入學考試。大學院的入學考試一般進行書面資料審查，小論文，以希望研究科目為主的口頭問答。有的大學院還進行日語及專業科目、英語(或其它外國語)的筆試。
入學考試的時間因大學而異，大多在 8 月-10 月進行。也有大學院在 2 月-3 月進行入學考試。
2) 研究生
大部分大學只根據書面資料審查后準予入學。
關于指導教官：
不論是正規課程或研究生，有些大學院要求必須事先找好指導教授，并取得入學許可允諾，這點必須向該大學院詢問確認清楚。
如果大學院要求取得指導教授的入學許可允諾，最好的方法是要求你出身的大學擔當教授給你介紹指導教官。如果必要的話，可參考大學院簡介，學會刊物，從畢業留學生，國內研究者等處獲取情報，各大學院及 Read或者“研究者研究課題總覽”(紀伊國屋書店刊)去尋找適合本身專攻內容科目的教官。有的教官設有研究科的網址，有些卻不在電子郵件發表，那就靠書信或電訊傳真試試吧。此外，也有些大學負責介紹指導教官。
如果用寄信方法尋找教授的話，請在信中具體寫明您迄今的研究結果，今后的研究計劃，為何選擇那位教授的理由，能附上本國擔當教官的推薦書就更好。教授對你一無所知又未曾見面，單從書信往來是難以作出判斷，所以僅憑一次書信即取得入學許可允諾的機會很少。通常必須經數次的書信往返，傳達您的熱誠心意，才有結果。