許多高校，碩士研究生的錄取數量早已超過了本科生，部分“985”、“211”重點院校亦在其列。對于許多學校而言，它們并沒有為碩士研究生擴招做好充分的教育資源準備，培養質量難以保證。相反科研院所招收的研究生一般都比較少，倍受詬病的“一個導師帶十幾個研究生”就很難發生在科研院所，所以學生獲得的人均資源也會比較多。在基礎設施上，科研院所專業研究條件也高于高校基礎。另外其獎助程度也遠高于高校，以電信科學技術研究院為例，其研究生在學期間獲得的獎助金總額均為在學期間所繳納學費的總額1-3倍，實現了公費制，獎助金的覆蓋面為100%。更重要的是由于沒有本科設置，所以科研院所不存在“保護本校生”的問題，相對高校招考會顯得比較公正。同時在社會就業大潮的涌動之下，名校的畢業生或許也難就業，但是熱門科研院所的畢業生的前途就可以用“不可限量”來形容了。比如就讀“財政部財政科學研究所”，那么進財政部工作的機會就非常的大;就讀“商務部國際貿易經濟合作研究院”，那么進商務部工作的機會就非常的大;而“中國人民銀行研究生部”(現在的清華大學五道口金融學院)在國內被稱為“銀行行長和銀行家的搖籃”。
目前我國的獨立研究院所有很多種，其中實力最強、名氣最大、分布最廣、數量最集中的是直屬國務院的中科院、社科院兩大科研系統中的各類研究所和研究中心。兩大系統下屬的各類研究機構遍布全國各地，幾乎所有省份都設有其直屬的研究機構，其中尤以北京最為集中。這兩大系統是專為應對國家和社會發展的科研需求而設的，是國家的“思想庫”和“智囊團”，為國家培養源源不斷的研究型后備軍團也是它們的重要任務之一。
另一種獨立研究院所是直屬國家各部委的，主要是為本部委和所屬行業提供科研成果，同時也利用自身成熟而豐富的科研資源為本行業培養研究人才，如國家地震局的地球物理研究所。其中直屬衛生部的中國醫學科學院比較特別，它是我國唯一的國家級醫科學術中心和綜合性醫學科研機構，與中國協和醫科大學實行院校合一的管理體制，醫科院為協和醫大提供雄厚的師資和技術力量，協和醫大為醫科院培養高層次的人才，兩者相互依托，優勢互補，這樣教研相長的的管理模式在我國也是獨一無二的。
還有一種是直屬各省市相關單位的研究機構，它們的級別低一些，規模小一些，但是研究方向更靈活、更有針對性，地域性也更強。它們在向所屬省市政府和相關單位提供科研成果的同時，也為各自領域培養后續的研究力量，如北京市首都兒科研究所、廣西民族醫藥研究所等。
此外，有些同樣以科研為主、不招收本科生的研究院所或研究中心是設在高校內部的，它們歸屬于高校，并沒有完全的獨立性，但具有許多與獨立院所相似的性質和特點，如清華大學核能與新能源技術研究院、山東大學文史哲研究院等。