總館是服務與業務中心館，位于校本部大南校門旁，館舍落成于1987年，2001年、2008年進行改擴建，面積2萬6千平方米。下設采訪、編目、元數據、特藏、研究資料、讀者服務、信息咨詢、區域研究資料中心、信息技術部及辦公室等部門，開展文獻采購、開發、編目加工、典藏、流通、閱覽、參考咨詢及后勤保障等工作。
文獻借閱服務
提供包括普通圖書、保存本、特藏、古籍及各類報刊在內的文獻借閱服務，對總館未收藏、漳州校區或翔安校區圖書館收藏的圖書可辦理委托調書手續跨校區借閱。設立總服務臺，負責處理讀者在使用圖書館過程中遇到的各種問題并接受咨詢;同時設總還書處,可通還各館所借圖書。
自助文印服務
在二樓休閑區及現刊、過刊、報紙閱覽室等處均備有自助打印復印掃描一體機，讀者可在校園內裝有聯創自助打印客戶端的計算機終端上進行打印，而后在自助打印復印掃描一體機上，使用校園卡進行自助刷卡繳費，并取走打印的文檔。亦可在一體機上選擇自助復印掃描功能項，使用校園卡刷卡復印掃描。
無線上網
總館館區內均可實現無線上網。無線網絡ID為“XMULIB”，讀者使用一卡通帳號密碼即可認證接入。
公共檢索服務
圖書館總館二樓檢索大廳以及各閱覽室均為讀者提供公共檢索終端。讀者可攜帶優盤、移動硬盤等到圖書館檢索并下載所需資源。總館三樓信息咨詢部培訓教室(319室)為研究生及教師提供計算機免費上機服務。
書包柜服務
書包柜以學年為單位供讀者免費使用，采取學年初上網申請，隨機分配的方式確定使用者，請留意每學年初圖書館主頁相關通知。
特藏
文庫設于總館四樓南側，選擇性地收集、保存我校師生員工及曾在本校工作學習過的校友的著作，定期舉辦特藏文獻展覽。
薩本棟紀念特藏庫
以前校長薩本棟院士命名的特藏庫，主要收藏本館民國時期書刊、剪報資料、薩支唐教授研究檔案等資料。
林語堂紀念室
位于總館四樓南側“玉堂• 廈大文庫”內，紀念室以“林語堂先生生平展”為主題，利用圖片較詳實地反映了林語堂一生的主要經歷和突出貢獻。并展出國內外有關林語堂研究的新成果。展室還陳列林先生部分著作，擺放著其家屬贈送的林先生曾使用過的沙發、書櫥。
南強學術報告廳
位于總館五樓，該廳擁有座位210個，不定期舉行南強學術講座、院長論壇、鷺江講壇等系列講座。
設于總館三樓的區域研究資料中心，每周定期舉辦“文化講堂”、“觀點論辯”、“學會活動”公益講座和文化活動。
由周五論壇發起、廈門大學圖書館支持建設的服務型公益網站。它的使命是“整合校園信息，使人人受益”。通過講座信息網，活動主辦方或熱心同學可以自主提交、發布、傳播最新校園活動信息，同學們也可以通過郵件訂閱、RSS閱讀器、Google日歷或流行社交網站獲得最新校園活動信息。同時，同學們還可以在講座信息網在線點播包括“南強講座”、“院長論壇”、“鷺江講壇”等知名學術論壇的部分歷史視頻資料。