近年來，電子科技大學大力加強學科建設，取得了豐碩的成果。
2002年，電子科技大學物理電子學、電路與系統、微電子學與固體電子學、電磁場與微波技術、通信與信息系統和信號與信息處理6個二級學科被批準為國家重點學科，成為全國唯一在電子科學與技術、信息與通信工程兩個一級學科中所有二級學科均為國家重點學科的高校。2007年電子科學與技術和信息與通信工程兩個一級學科被批準為一級學科國家重點學科，光學工程和計算機應用技術兩個學科被批準為國家重點（培育）學科。
在2002年和2006年的兩次全國高校一級學科評估中，電子科技大學電子科學與技術一級學科的排名從第3名上升到第2名；信息與通信工程 一級學科由第8名上升到第5名。
2008年，電子科技大學馬克思主義理論、數學、物理學、機械工程、光學工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、生物醫學工程、管理科學與工程、工商管理12個一級學科被批準為一級學科四川省重點學科，數量經濟學、應用化學、行政管理3個二級學科被批準為二級學科四川省重點學科。