2006年9月5日下午三時，“教育部、衛生部共建（
根據黨中央關于建設若干所世界一流大學的精神以及國務院關于進一步加強教育和科技體制改革的要求，教育部、衛生部經過認真調查研究，于2002年9月簽署協議，支持清華大學和中國協和醫科大學實行緊密合作。此后，教育部、衛生部領導多次到清華大學和中國協和醫科大學進行調研，廣泛聽取各方面意見，一致認為，積極推進兩校合作辦學是實現清華大學與中國協和醫科大學共同發展，創建世界一流大學和世界一流醫學院的有效途徑。清華大學和中國協和醫科大學經過充分溝通和友好協商，一致認為，按照教育部、衛生部協議的原則和精神，兩校應全力以赴，認真落實和積極推進合作共建，并正式簽署了《清華大學和中國協和醫科大學關于落實兩部協議的實施意見》（以下簡稱《實施意見》）。
根據上述《實施意見》：（1）中國協和醫科大學更名為“北京協和醫學院（清華大學醫學部）”，英文名稱為“Peking Union Medical College，Tsinghua University”，接受教育部、衛生部雙重領導，其原有的隸屬領導關系、資產關系和經費管理體制保持不變。北京協和醫學院（清華大學醫學部）仍為獨立法人，對人事、財務和資產行使獨立法人權利及承擔獨立法人責任。（2）在衛生部、教育部的共同支持下，發揮清華大學多學科綜合優勢，優化整合醫學教育資源，根據充分醞釀、積極準備、穩健推進的原則，將原中國協和醫科大學和原清華大學醫學院逐步整合成為一個一流的醫學院，清華大學不再另辦醫學院。（3）北京協和醫學院（清華大學醫學部）的學科建設由清華大學納入“211工程”和“985工程”等國家重點建設工程的整體規劃及其他相關計劃之中，在政策和投入等方面給予重點支持。（4）北京協和醫學院（清華大學醫學部）和清華大學共同制訂臨床醫學專業的學生和研究生招生培養計劃，臨床醫學專業的學生和研究生具有“北京協和醫學院（清華大學醫學部）”和“清華大學”兩校學籍。學籍管理和日常管理根據教學需要分階段在不同校區執行，將責任落實到校區。臨床醫學專業的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”和“北京協和醫學院”兩個公章。（5）清華大學和北京協和醫學院（清華大學醫學部）成立專門工作班子，共同負責《實施意見》的具體操作，分步加以實施。北京協和醫學院（清華大學醫學部）將有關醫學院統計數據報衛生部，各項辦學指標由清華大學統計匯總報教育部。
周濟部長、高強部長和朱善璐書記分別代表教育部、衛生部和北京市委教育工委發表講話，對北京協和醫學院（清華大學醫學部）的正式揭牌表示祝賀，并指出，清華大學與中國協和醫科大學緊密合作辦學，掀開了我國高等醫學教育改革發展史上的新篇章，具有重大而深遠的意義。兩校的緊密合作辦學，有利于實現兩校的優勢互補、資源共享，有利于學科專業、師資隊伍、科研條件等教育資源的整合與利用，有利于加強學科建設和人才隊伍建設，提高綜合實力和競爭力，有利于創建世界一流大學和世界一流醫學院。他們在講話中，還對兩校間的緊密合作辦學提出了希望和要求：兩校要進一步加強組織領導，加強團結協作，堅持創新和發展的思維，穩步推進北京協和醫學院（清華大學醫學部）的辦學工作，積極推動世界一流大學和世界一流醫學院的建設。
清華大學校長顧秉林、中國協和醫科大學校長劉德培分別代表兩校致辭，感謝教育部、衛生部和北京市領導長期以來對兩校的關心與指導，表示兩校將密切加強合作，為創建世界一流大學和世界一流醫學院的目標而不懈努力。
出席今天大會的還有北京市教委、市科委、市衛生局、軍事醫學科學院、解放軍總醫院、北京大學醫學部、北京中醫藥大學、首都醫科大學等有關醫療單位，教育部、衛生部各有關司局的領導、來賓，以及清華大學和中國協和醫科大學的師生代表共400余人出席了揭牌儀式。
大會結束后，在中國協和醫科大學校園內舉行了“北京協和醫學院”、“清華大學醫學部”掛牌儀式。掛牌儀式由教育部直屬高校司高文兵司長主持，中國協和醫科大學黨委書記劉謙、清華大學黨委書記陳希分別致辭，隨即兩校領導為懸掛于校門口的新校牌揭彩。