清華大學2006年將招收工商管理碩士（MBA）360名，其中國際MBA120名。培養方式包括個人自籌經費和單位委托培養兩種。其中自籌經費由MBA學生本人與學校簽訂培養協議，個人支付培養費。全日制學習者可將戶口和人事檔案轉入清華大學。委托培養由MBA學生所在單位與學校簽訂委托培養協議，委托單位支付培養費。MBA學生不轉戶口，不調人事檔案。
國際MBA，即IMBA，學制兩年，全日制脫產學習，清華大學安排住宿，費用自理；全日制MBA，學制兩年，全日制脫產學習，清華大學也為學生安排住宿，費用自理；在職MBA學制三年，業余時間學習。
據介紹，在MBA錄取中，清華大學一向重視考生的職業經驗、工作業績和綜合素質。符合規定的報考資格，初試成績達到清華大學復試要求的考生可參加復試。通過復試，學校綜合評估考生的學習能力和發展潛質，擇優錄取。
此外，凡未被清華大學錄取、但初試成績在教育部規定的最低錄取分數線以上的考生，可以調劑錄取至其他招生院校。根據考生意愿，清華大學將積極協助考生的調劑事宜。