為適應中國工程建設事業飛速發展和開拓國際工程建設市場的需要，加速高級工程管理人才的培養，清華大學于2000年4月18日成立了建設管理系，隸屬于清華大學土木水利學院。建設管理系的師資主要來自原土木系的建設管理教研組和原水利系的工程建設管理學科組，同時引進了國內外在項目管理方面的優秀師資和研究人才。目前全系教師17人，包括教授8人（含博士生導師3人）、副教授4人和講師5人。
建設管理系下設工程管理研究所、清華大學房地產研究所（由清華大學土木水利學院、經濟管理學院、建筑學院合辦，掛靠土木水利學院）和校企合作的（清華－金門）建筑安全研究中心。同時，建立了面向培養高級國際工程管理人才、面向國際建設市場的國際工程項目管理研究院和FIDIC-TSINGHUA-CNAEC培訓中心。