我校與東京工業大學已于2004年2月24日正式簽署了兩校聯合培養碩士研究生項目協議書，每年由兩校對等互派學生，聯合培養納米技術、生物科學與工程專業方向碩士研究生，學制三年，在滿足雙方大學各自的培養規定的前提下，授予雙方大學的碩士學位。4月中旬，我校已開始從2004年錄取的碩士研究生中選拔學生作為參加此項目的候選人。這標志著兩校聯合培養碩士研究生項目正式啟動。
聯合培養項目由東京工業大學提供獎學金支持，他們正在積極地運作和宣傳，以獲得更多日本大公司和企業界的鼎力贊助。同時，為使這項合作盡早啟動起來，東京工業大學已為該聯合培養項目準備出專用辦公室，作為今后清華大學教師及有關工作人員在日本工作訪問期間的辦公場所。我校也在積極安排和落實東京工業大學的教授來我校工作時的辦公條件。
東京工業大學的聯合培養學生將于2005年3月進入我校學習。