醫學部是蘇州大學于2008年初由醫學院各系與生命科學學院、放射醫學與公共衛生學院和藥學院組建而成。醫學部為學校醫學和生命科學教育管理的實體單位，統一負責并管理醫學和生命科學類的學生培養、就業指導、科學研究、學科專業建設、人才隊伍建設、社會服務以及日常工作。醫學部內設：黨務行政管理工作辦公室（簡稱：醫學部辦公室）、教學辦公室（含本科生、留學生、成教生）、學生工作辦公室（含本科生、研究生、留學生、成教生）、科研辦公室、研究生辦公室和發展辦公室。醫學部下設：基礎醫學與生物科學學院、放射醫學與公共衛生學院、藥學院、護理學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、兒科臨床醫學院，學部內設教學實驗中心和動物實驗中心，擁有附屬醫院10所，教學醫學院61所。預防醫學和法醫學和藥學實習基地各10個，生物與農學實習基地22個。
醫學部擁有基礎醫學一級學科博士點和臨床醫學一級學科專業學位博士點，2個博士后流動站，共有博士學位點37個，碩士學位點71個。醫學部設有醫學、藥學和生命科學類本科專業及專業方向20多個，其中臨床醫學為江蘇省品牌專業，放射醫學和生物技術專業為江蘇省特色專業。臨床醫學七年制專業為本碩連讀，放射醫學為國家管理的專業點，也是江蘇省人民政府與國防科學技術工業委員會重點共建的專業。目前在校本科生4442人，博士、碩士研究生2200人，東南亞留學生674人。在校成教生2688人，在職成教生4028人。
醫學部現有國家級重點學科3個：內科學（血液�。�、放射醫學、外科學（骨外科）；國防科工委重點學科2個：放射醫學、內科學（血液�。�；省135重點醫學學科6個。學部設有江蘇省血液研究所、蘇港合作蘇州中藥研究所、核事故醫學應急中心、蠶桑研究所、水產研究所、新藥研發中心等科研機構17個。近三年來，醫學部獲得國家科技成果二等獎1項，承擔省部級以上各類項目108項，獲省部級以上科技進步獎19項，發表SCI論文241篇，專利授權17項，現有省部級重點實驗室3個，蘇州市重點實驗室5個，校級科研創新團隊2個。