上海財經大學高等研究院（Institute for Advanced Research）正式成立于2006年7月，現為學校直屬的正處級科研單位，具有獨立的人事、財務和行政權，是國家優勢學科創新平臺項目——“經濟學創新平臺”建設項目的重要組成部分。
高等研究院的使命在于以準確的數據為依據，先進的理論為指導，科學的研究方法為手段，理論結合實際，定性與定量分析并舉，以項目的形式凝聚海內外研究力量，發揮群體作戰的規模優勢，聯合攻關，研究中國改革和發展中出現的長遠重大戰略性問題和當前難點、熱點經濟問題，力圖打造一個集科學政策咨詢、重大項目研究、學術前沿探討和高級人才培養于一體的權威大型綜合研究機構。
本著中西合璧、優化整合的原則,高等研究院組建了一支50多人的創新團隊。其中，絕大多數人在歐美一流大學獲得經濟學博士學位，如耶魯大學、加州大學伯克利分校、牛津大學、多倫多大學、圖盧茲大學等世界名校，其他成員則都是上海財經大學經濟學院、金融學院、國際工商管理學院、公共經濟與管理學院、統計與管理學院的學術帶頭人與骨干力量。隨著海外優秀人才的進一步加入以及校內外資源整合力度的加大，創新團隊的層次將會有更高的提升。
目前，高等研究院擁有數理經濟學教育部重點實驗室，同時設立數據調研中心、中國教育改革與發展研究中心、社會發展與穩定研究中心、環境與自然資源研究中心、農業與城鄉協調發展研究中心、衛生經濟研究中心、公共政策評估中心、中國宏觀經濟研究中心、市場機制設計與信息經濟研究中心以及博士后中心等常規研究中心。