東南大學碩士生培養年限一般為2—3年（根據各專業培養方案確定）。
按照國家政策，從2014年入學的研究生開始實行收費制度。學校將按照國家和江蘇省的規定收取學費，學費標準另行公布。
同時學校向全國研究生招生計劃內（有固定工資收入的除外）的全日制碩士生發放國家助學金；在修業年限內符合條件的研究生，可評選國家獎學金、學業獎學金和學校、院系為研究生設置的獎助學金。學校、院系和導師為研究生設置“助教”、“助管”和“助研”崗位（統稱為“三助”崗位），承擔“三助”崗位的研究生，可以獲得相應的崗位津貼，獎助辦法另行公布。
若2014招生年度國家出臺新的研究生招生政策，東南大學將做相應調整，并及時在東南大學研究生招生網予以公布。