一、培養目標
為醫藥行業培養從事藥品的研究與開發、生產制造、工程設計、質量管理等能參與國際競爭的應用型、復合型高層次工程技術與管理人才。了解制藥工程領域的理論前沿，掌握相應的基礎理論、專業知識及解決問題的方法和手段，培養創新意識和對藥品新資源、新產品、新工藝進行研究、開發和設計的能力等。
二、研究方向
藥物新劑型;
微生物來源新藥研究;
多肽藥物的基因工程和蛋白質工程;
基因工程的關鍵技術研究;
藥物傳輸系統;
中藥/天然藥物研發。
三、培養方式與學習期限
1、在職制藥工程碩士生采取進校不離崗，以業余學習為主的方式，課程學習實行學分制，但要求在校學習的時間累計不少于6個月。
2、學位論文由校內具有制藥工程實踐經驗的導師與制藥企業或工程部門的業務水平高、責任心強的具有高級職稱的人員聯合指導。
3、學習年限為3-5年。
四、課程設置及學分要求
制藥工程碩士專業學位的課程針對制藥工程的特點和醫藥相關企業需求設置。教學內容具有寬廣性和綜合性，反映當代制藥工程領域工程科學技術發展前沿。攻讀制藥工程碩士專業學位的研究生，應獲得的總學分不少于32學分，其中學位課不少于60%。
五、學位授予
達到了制藥工程碩士專業學位培養目標和基本要求，課程考試合格，通過學位論文答辯，根據《南京大學碩士、博士學位授予工作細則》，經南京大學學位評定委員會審定，可授予工程碩士學位。