1984年南京師范大學計算機學科開始正式招收計算機專業的本科生。1994年6月，以數學系計算機科學教育專業為基礎劃出部分教師單獨建立計算機科學系。1999年5月計算機科學系與數學系、計算中心等單位合并成立數學與計算機科學學院。 2009年4月，學校決定拆分數學與計算機科學學院，成立計算機科學與技術學院。
目前計算機科學與技術學院下設4個系和4個中心，包括智能技術系、計算機軟件系、網絡與信息安全系、管理科學與工程系、計算機中心、計算機專業實驗教學中心、江蘇省信息安全保密技術工程研究中心、南京市管理信息化工程中心。
計算機科學與技術學院現有教職工95人，其中，教授10人(含博士生導師5人)，副教授及博士 27人，碩士生導師20人，講師29人。入選江蘇省“青藍工程”中青年學術帶頭人1人、校級教學名師1人、校級優秀中青年骨干教師6人。學院具有“計算機應用技術”、“計算機軟件與理論”、“管理科學與工程”3個碩士學位授予權和“計算機技術”工程碩士授予權。“計算機應用技術”和“管理科學與工程”兩個學科被評為校級重點學科。通過人才引進和自身發展，建有一支結構合理，實力雄厚，團結協作，思想活躍的教學與科研隊伍，在數據挖掘及應用、智能技術及應用、密碼學與信息安全、分布式協同計算、管理決策支持等方向形成了明顯的特色和優勢，獲得一系列科研成果，部分成果達到國際或國內先進水平。計算機學院參與國家“十五”“211工程”重點學科建設，目前正在主持國家“十一五”“211工程”重點建設項目 “新型智能信息處理技術研究”，主持國家自然科學基金項目11項、863項目2項、江蘇省自然科學基金項目以及其他省部級項目12項，承擔多項橫向科技開發項目，科研經費總額達到3000多萬元。“醫院門診自動分診導醫信息管理系統”被成功應用于北京中國人民解放軍總醫院、中國人民解放軍281醫院、北京小湯山醫院、無錫市人民醫院等國內十多家大醫院，該系統在國內醫療行業樹立了一個良好品牌。近5年計算機學科在IEEE Transaction、計算機學報、軟件學報、電子學報、自動化學報、計算機研究與發展等重要核心期刊以及國際重要學術會議發表論文400多篇，SCI/EI收錄論文約180篇，出版教材40多部，其中9部教材被列為國家“十一五”規劃教材，獲得省級科技進步獎1項，南京市科技進步獎二等獎2 項，江蘇省高等教育教學成果獎二等獎2項，省級精品課程1項，國家發明專利1項，實用新型專利20多項，軟件著作權10多項。我院計算機實驗教學中心被評為江蘇省實驗教學示范中心。“計算機軟件技術基礎”教學團隊被評為校級優秀教學團隊。
目前學院設有“計算機科學與技術”和“信息管理與信息系統”兩個本科招生專業。計算機專業培養貫徹“軟硬結合，注重應用”的宗旨，根據計算機人才市場需求，學院將計算機科學與技術專業設置為4個方向，即：師范方向、軟件方向、網絡安全方向、嵌入式系統方向，學生歷年就業率超過98%。
學院全體職工團結一致，同心同德，開拓創新，求真務實，為學院的人才培養、科學研究、學科建設等各項事業而努力奮斗!