針對部分教育界人士對“研究生收費新制度可能不利于寒門學子”的擔心，教育部有關負責人表示，新的政策措施實施后，研究生所獲資助總體上超過其應繳納的學費，資助水平得到提高，從制度上根本保證研究生不因經濟困難而失學。
在實行收費制度、健全成本分擔機制的同時，這次改革更加注重財政撥款制度和獎助政策體系的完善。新的政策措施實施后，研究生所獲資助總體上超過其應繳納的學費，資助水平得到提高。為確保研究生特別是家庭經濟困難研究生入學后能夠順利完成學業，《意見》提出了六種主要資助渠道：
一是研究生國家助學金。從2014年秋季學期起，凡是國家招生計劃內的所有全日制研究生，都可享受國家助學金。博士生資助標準不低于每生每年1萬元，碩士生資助標準不低于每生每年6000元，可以滿足基本生活費的需求。
二是研究生國家獎學金。從2012年秋季學期起，中央財政就已經設立了研究生國家獎學金。每年獎勵4.5萬名高校研究生，其中：博士生1萬名，每生每年3萬元;碩士生3.5萬名，每生每年2萬元。
三是研究生學業獎學金。從2014年秋季學期起，還將設立研究生學業獎學金，用于獎勵支持研究生更好地完成學業。高等學校根據研究生學業成績、科研成果、社會服務以及家庭經濟狀況等因素，確定研究生學業獎學金的覆蓋面、等級、具體標準和評定辦法，并負責組織實施�？傮w上，博士研究生學業獎學金的標準要高于碩士研究生。學業獎學金所需資金由各級財政給予支持;高校要按規定統籌利用財政資金、學費收入、社會捐助等資金，加大獎助力度。
四是“三助”(研究生助教、助研和助管崗位)津貼資助。由高等學校按規定統籌利用科研經費、學費收入、社會捐助等資金，設置研究生“三助”崗位，并提供“三助”津貼。
五是研究生國家助學貸款。研究生國家助學貸款年度最高限額進一步提高，原則上不超過年度學費和住宿費標準總和。凡是符合條件的研究生都可以申請并及時獲得國家助學貸款，可享受國家助學貸款貼息和風險補償金。到基層和艱苦邊遠地區工作以及應征入伍服義務兵役研究生還可以享受學費補償和國家助學貸款代償政策。
六是其他資助。除可以享受以上獎助政策外，家庭經濟困難研究生還可以通過減免學費、發放特殊困難補助、開辟入學“綠色通道”以及企業、社會團體和個人面向高等學校設立的研究生獎助學金、專題研究項目，或提供的實踐實習崗位、就職鍛煉機會等方式得到資助。
因此，完善研究生教育投入機制各項新政策措施實施后，研究生的待遇和資助水平總體上將大幅提高，從制度上根本保證家庭經濟困難研究生不因家庭經濟困難而失學，將有力促進教育公平。