教育碩士與教育學碩士是兩種不同性質的學位，前者是職業性學位，在我國被稱為專業學位，后者是學術性學位。專業學位培養目標和培養方式與學術性學位有所不同。
學術性學位的培養方式以研究性為主，學位課程只要求學習三到四門，最后以研究論文為主要成果;教育碩士專業學位則以課程為主，同時也要求撰寫論文，一般需要學習十二門必修課和選修課。課程分為公共課和專業課兩大部分，公共課為：馬克思主義理論、教育學原理、教育心理學、現代教育技術、教育科學研究方法、外國語。專業課依學科教學方向的不同而不同，比如“學科教學——語文”的專業課為：語文教學論、語文教育改革與研究、中國語文教育發展史、漢語言文學研究。但兩者在學位上處于同一層次。
為了適應國家建設和發展的需要，多渠道培養高層次應用型專門人才，國務院學位辦公室自1997年以來，逐步為在職人員設立了各種專業學位，到現在已有MPA、法學碩士、教育碩士、MBA等10多個專業學位。碩士學位證書都是由國務院學位辦公室統一印制的。碩士專業學位和統招研究生獲得的碩士學位是等價的，只是類型不同。專業學位的碩士論文必須結合本專業的工作實際來撰寫，屬于應用性學位論文，統招碩士生的學位論文強調學術性和理論性，屬于學術型學位論文。
教育碩士培養的目的是培養具有現代教育觀念，具備較高理論素養與實踐能力的教育管理干部和骨干教師。
教育碩士專業學位在我國的設置，為中小學教師獲取研究生學位開辟了渠道。雖然我國早已建有教師進修制度和機構，但是這種進修往往是零星的、不系統的，開設教育碩士專業學位，教師可以系統地學習新知識，掌握學科的前沿，得到教育研究的培養。