南京大學作為全國首批研究生培養改革試點單位，于2013年5月率先啟動了博士研究生教育改革。按照國家研究生教育綜合改革和全國研究生教育質量工作會議的精神，學校把立德樹人作為研究生教育改革的根本任務，把提高研究生培養質量作為改革的主要目標，把穩定招生規�；A上的創新培養模式、改進培養機制、建立全過程的質量保障體系作為改革的著力點。這是遵循研究生培養規律、回歸研究生教育本質的表現。概而言之，南大的博士生培養改革可以概括成：緊扣一條主線、調動兩個主體、實施三項工程。
緊扣一條主線。在30多年中，我校已為國家輸送博士畢業生10448人，碩士畢業生30938人。同時我們也看到，由于過去博士生培養數量擴張較快，導致部分博士生在思想境界、學術誠信、科研能力乃至心理狀況等方面都存在一些問題。為此，南大一方面致力于構建一種常態性的思想道德和學風教育體系，另一方面還致力于構建博士生培養的科學創新體系。通過這些計劃，使我校的博士生能夠接觸到國內外最前沿的學術信息，受到最活躍的學術環境的熏陶，學術視野得到拓寬，創新意識大大加強，高質量的成果不斷涌現。
調動兩個主體。博士生培養中存在三個不同的主體：一是管理者，二是學生，三是導師。在過去的管理模式中，管理者處于事實上的主導地位，現在的改革就是要更多地強調管理者的服務意識，在保障日常管理的基礎上，充分調動學生和導師的主體意識。
對于學生而言，主要是要調動他們學習的主動性、積極性和創造性。學校的努力集中在幾個方面。一是廣泛宣傳，讓每一名學生都充分了解改革的宗旨、目標、路徑和措施。二是盡學校所能為學生提高包括物質條件、實驗條件、學術交流條件在內的各種保障。三是推動校研究生會舉辦各類文化藝術活動，與各類學術活動緊密呼應，營造一種奮發進取、積極向上的校園文化環境。
對于導師而言，則主要是要激發他們的使命感、責任感和榮譽感。我們探索并完善了相關配套措施和激勵機制。一是充分利用一年一度新博導培訓平臺，讓每位博導從一上崗就樹立起強烈的榮譽感和使命感。二是利用網絡調研、學術訪談、講座沙龍等方式，搭建導師和研究生交流與溝通的平臺，構建新型師生關系，讓導師在研究生管理中扮演好引導性和示范性角色。三是發動博導教授主動出擊，物色優秀生源，在提高生源質量的同時，也增強了導師對學生成才的責任意識。由于充分調動了學生和導師兩個主體的積極性，博士生培養中教與學的活力被充分激發出來，改革的動力大大增強。
實施三項工程。再好的理念和設想，如果沒有制度和措施的保障，改革也難以取得應有的成效。南大博士生培養改革既本著頂層設計、系統推進的戰略原則，又采取了突出重點、注重實效的操作策略。頂層設計方面，自2013年以來，我校出臺了一系列文件，為博士生培養改革建立了完整的制度框架。操作策略方面，則是從入口、過程到出口，建立起了以選撥、考核、激勵為重點的互為支撐的質量保障體系。在過程階段，嚴格中期考核，重點抓住兩頭。在出口階段，重點在論文盲審與彈性學制相結合，力推創新拔尖(A、B)計劃。
目前，在博士生培養改革穩步推進的同時，我校也正在加緊研究制定碩士生“二三三”培養改革方案。我們希望通過全面的系統性的改革，建立和完善具有南大特色的擇優選拔、特色培養、分流管理、分層激勵的研究生培養新機制，力爭通過五到十年的努力，使我校的研究生教育步入新常態，使培養質量達到世界一流大學的水平。