學費比學術型碩士高，但通常不享受學術型碩士享有的國家補貼、各類獎學金——在部分地區學費上漲的背景下，專業碩士的讀研成本更受本科畢業生的關注。
公開資料顯示，專業學位是相對于學術性學位而言的學位類型，是適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。
在多位受訪學生看來，專業碩士與學術碩士最大的差異，一是學制不同，另一個就是前者的學費遠遠高于后者。
學術型碩士的學費上限已有全國性規定。2013年，國家財政部、發展改革委、教育部聯合發布《關于完善研究生教育投入機制的意見》，提出2014年秋季學期起，向所有納入全國研究生招生計劃的新入學研究生收取學費，原則上，碩士生每生每年不超過8000元。
對于全日制專業學位研究生以及目前已按規定實行收費政策的研究生，《意見》的要求是“暫執行原收費政策”。
筆者了解到，2014年全日制專業碩士學費的標準，其中四川省、山西省、福建省、寧夏回族自治區專業碩士學費最高限額最低，為每學年8000元，江蘇省、浙江省、山東省、湖北省、海南省規定專業碩士學費的上限是每學年1萬元。
天津、廣東、廣西和貴州等省(區、市)還對不同類別的專業碩士作了詳細規定。例如，天津市規定，建筑學碩士、出版碩士等每生每學年不超過1.8萬元;公共管理碩士、金融碩士等每生每學年不超過2.8萬元，工商管理碩士每生每學年不超過4.4萬元。
高校聚集的北京地區，專業碩士學費普遍比其他地區高，以清華大學為例，該校2014年研究生學費一覽表顯示，學術型碩士學費均為8000元/年，除去應屆畢業生不能報考的工商管理碩士(MBA)外，專業碩士中學費最高的專業是金融專業(北京)，兩年12.8萬元，其次是工程管理專業，兩年9.9萬元。新聞與傳播專業碩士的學費也高達3萬元/年。
筆者發現，從目前招考情況看，報考研究生時，通常學術碩士比專業碩士更受考生熱捧，專業碩士有時會成為學術型碩士招生調劑的備選。
目前，各校對全日制專業碩士很少提供學業獎學金，而學術型碩士的獎學金覆蓋率逐年提高，一些學生疑惑：各院校是不是在以專業碩士的高學費來“養”學術型碩士?專業碩士的高學費是否和辦學質量成正比?
在北京師范大學攻讀某專業碩士的王林(化名)告訴筆者，他所讀的專業碩士學費是一年1.5萬元，兩年共3萬元，班里只有一個人有機會拿到國家獎學金，并沒有助學金等補助。
在專業差異上，王林說：“專業碩士和學術碩士都在一起上課，課程都一樣。唯一的不同是學術碩士是3年，專業碩士是兩年。”
筆者注意到，王林所在的專業碩士的招生簡章中，注明該專業碩士將強化應用型課程和專業實習，建立校內外雙導師制，校外兼職導師為“業界具有高級專業技術職務的專家學者，參與學術前沿講座、專業實習指導、論文指導等多個環節的工作。”
王林告訴筆者，該專業并沒有為學生安排校外導師，學生第一年結束課程后，第二年開始實習、找工作，在專業實踐上并未看出相比于學術碩士的優勢。
類似的事情發生在西安交通大學攻讀工程碩士專業的李亮(化名)身上。即將讀研二的李亮告訴筆者，他所讀的專碩學制是兩年，學術碩士學制是三年，但都是第一年完成所有課程學習，不同點在于專業碩士盡可能把課都選在了研一上學期，下學期課少就可以把更多的時間用來做實驗，而研二的時間要用來找工作。
李亮說，由于學術碩士時間比較充裕，研二一年的時間可以用來做科研，因此老師對學術碩士更加重視，而對專業碩士相對放松。
“專碩是培養工程人才，模式應該是和企業聯合培養，學碩是培養學術人才，以后就業基本就是研究所和高校任教，但是目前很多專碩跟學碩培養模式都差不多。我們本來應該是學校這邊一個導師，企業那邊一個，但其實企業那邊是沒有的。”他說。
李亮并不需要交學費，只有成績排名靠后的學生需要交8000元學費。但是從2014年起，西安交通大學新入學的學術碩士和專業碩士都要交學費。
李亮告訴筆者，很多同學對專業碩士的學費提出了質疑。
“由于今年開始收學費，而專碩學費比學碩學費又高了好幾千，所以有工碩的同學覺得不公平，就到研究生院詢問，學校給的說法是，工碩的培養模式是雙導師制。”他有些不滿意，因為實際情況是大家都只有一個導師，所以專碩的同學覺得這錢交得冤枉。“后來學校見了他們的代表，商量之后就給了額外的獎學金來安撫他們的情緒”。