杭州師范大學醫學院前身是創辦于1979年的浙江醫科大學杭州分校(護理教育可追溯至1917年浙江廣濟醫院護士培訓學校，已有近百年歷史)。1994年學校更名為杭州醫學高等�？茖W校，2001年并入杭州師范學院成立醫學院。2004年醫學院分為臨床醫學院、護理學院、醫藥衛生管理學院(2011年11月更名為健康管理學院)、基礎醫學部等四個教學單位。2013年3月上述“三院一部”合并成立新的醫學院。
醫學院坐落在杭州下沙高教園區內，有教學實驗用房35041平方，包括基礎醫學、臨床醫學、護理學、健康管理、預防醫學、口腔醫學、衛生事業管理和藥學8個系，擁有8個本科專業和方向。有1家綜合性三甲附屬醫院(杭州市第二人民醫院)，7家非直屬附屬醫院。擁有智能健康研究院和衰老研究所2個校級重點研究機構�，F有全日制在校學生2980余人，教職工264余人，其中專任教師223人，教授47人，副教授78人。學院現有共享院士1人，國家級新世紀百千萬人才工程2人，國家杰出青年基金獲得者1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃入選者2 人，享受國務院頒發的政府特殊津貼專家3人;擁有國家級學術分會主任委員1人，教育部高等學校教學指導委員會委員2人，國家重大科學院研究計劃首席科學家1人，浙江省“新世紀151人才工程”13人。
醫學院有服務國家特殊需求博士人才培養項目“治未病與健康管理”，與浙江大學聯合培養博士學位授權學科——基礎醫學，有公共管理和護理學2個碩士學位授權一級學科。擁有國家中醫藥管理局重點學科1個，浙江省重點學科2個，浙江省實驗教學示范中心建設點2個，浙江省精品課程6門。
近十年來，醫學院承擔各類科研項目300余項，包括國家重大科學研究計劃、“十一五”和“十二五” 國家科技支撐重點項目、國家自然科學基金重點項目等重大(重點)項目;科研平臺建設獲得重要突破，擁有教育部工程中心1個，浙江省科技創新重點團隊1個。
醫學院與美國、英國、澳大利亞、香港、臺灣等境內外的多所院校建立了友好合作與交流關系，開辦留學生醫學本科教育項目，現有國際留學生100余人。