哈爾濱工業大學食品科學與遺傳工程研究院創建于2003年5月，是哈爾濱工業大學所屬的二級教學、科研單位，其前身是哈爾濱工業大學糖業研究院。自1999年整體并入哈工大以來，糖業研究院針對食品科學與工程學科的發展前沿，充分利用以往甜菜制糖領域的研究經驗，開始了以研究型食品科學與工程學院為發展方向的第二次創業。在學校領導的親切關懷和支持下，全院教職員工積極進取，團結奮斗，艱苦創業，在學科建設、人才培養、科學研究和教書育人等方面取得了一定成績。四年來，先后有18人進入生物、食品、環境科學相關專業攻讀碩士學位，3人進入生物科學相關專業攻讀博士學位，系統地完成了自有人才的培養。同時，根據學科建設的發展規劃和總體目標，加大了高水平人才的引進力度。目前已形成一支學歷、年齡、職稱、學緣結構日趨合理，學術水平較高的教學與科研隊伍。現有教職員工88人，其中博導2人，教授4人，副教授27人，講師18人。具有博士學位6人，碩士學位17人。擁有辦公和科研用房15400平方米，家屬宿舍25000平方米，各類儀器設備1300臺套，圖書館藏書14500余冊，固定資產原值3000萬元，現有占地面積195公頃。
食品科學與遺傳工程研究院的研究領域囊括了食品生物技術、食品機械、制糖設備與自動控制、食品營養與安全檢測、食品化學、食品工程、生物化工、乳品科學、遺傳育種、作物栽培與良種繁育技術、生態園林等專業。食品科學與工程、食品營養與安全檢測、生物化工、作物遺傳育種專業是我院的特色專業，食品科學與工程業務范圍主要是糧食、油脂和果蔬、乳品、飲料等食品的加工、保藏工藝研究、工程設計、新產品開發、資源綜合利用。食品安全與分析檢測業務范圍主要是各類食品質量(營養、衛生、安全、風味)的分析檢驗、品質控制和科學研究等。
我院在建設和發展過程中，始終重視黨建和思想政治工作，不斷加強領導班子的自身建設，注重經�；恼卫碚搶W習，求真務實，開拓進取。充分發揮了黨組織的政治核心及黨支部的戰斗堡壘作用，注重黨支部建在研究室及黨員先鋒模范作用的發揮，積極在第一線發展黨員，使一批年輕教職員工脫穎而出，成為教學、科研工作的骨干力量。
四年來，我院共完成國家、省部級重點攻關項目、自然科學基金、農業產業化、市級科研項目45項，獲省部級科研、教學獎勵18項、國家發明專利9 項。在國內外發表論文200余篇，出版專著、教材26部，其中有5篇論文被SCI、EI收錄。此外，還完成了多項橫向技術合作。2003年首獲國防科工委批準的生物化工、遺傳學兩個碩士學位授予點的建成，以及學科帶頭人的不斷引進，為以糖業研究院為主體建設食品科學與遺傳工程研究院奠定了堅實基礎。截止到 2003年11月，我院教師共培養博士生5人、碩士生45人，為我國研究生的培養教育作出了應有的貢獻。
在現有兩個碩士授權點基礎上，我院力爭在2005年以前申報獲得食品科學、糧食油脂及植物蛋白工程和農產品加工及貯藏工程三個二級學科碩士學位授予權。我院與黑龍江東方學院聯合辦學所開設的食品檢測技術與管理專業兩年招生82人，將為食品企業、科研和管理部門培養一批德才兼備的技術之才。
我院與國內外同類學�；蚩蒲袉挝皇冀K保持著較廣泛的學術交流，先后選派教學、科研人員30多人次赴美國、俄羅斯、加拿大、匈牙利、墨西哥、瑞典、丹麥、日本等國進修或學術交流，有力地促進了學術活動的開展和學術水平的提高。
食品科學與遺傳工程研究院的機構設置為：院辦公室、財務科、產業開發辦、物業管理中心、食品營養與安全檢測中心、食品工程研究室、食品化學研究室、生物化工研究室、乳品科學研究室、遺傳育種技術研究中心、農林技術研究中心、制糖工程與技術服務中心、生態園林研究所和柳園飲品有限責任公司。
所附設的全國性服務部門與機構有：全國甜菜糖業標準化中心、國家輕工業局甜菜糖業質量監督檢測中心、全國甜菜糖業學會秘書處。編輯出版的《中國甜菜糖業》是我國唯一公開對外發行的甜菜糖業期刊。《生物信息學》從2004年起將對外公開出版發行。
在21世紀，食品科學與遺傳工程研究院將進一步解放思想、開拓進取、抓住機遇、加快發展，充分發掘哈工大的學科交叉優勢和地處黑龍江省的地理資源優勢，在培養食品科學領域的高級技術人才、深入開展科學研究、加快科技創新等方面作出新的、更大的貢獻。