復旦大學微電子研究院是在國家教育部、國家計委、上海市政府的關懷下，經上海市計委批準，于2002年正式成立并落戶于復旦大學浦東張江校區，是我國特別是上海地區微電子人才培養和微電子技術研發的重要基地之一。
研究院依托于復旦大學“微電子學與固體電子學” 學科幾十年的深厚積累，有雄厚的技術和學術優勢，是國家重點學科、“211工程”建設學科、復旦大學“985工程、重中之重”建設學科，其所在一級學科具有博士學位授予權和博士后流動站。1992年建立了全國唯一的“專用集成電路和系統國家重點實驗室(復旦大學)”，具備國際一流的軟硬件設計環境。 2003年被批準成為國家首批9個“國家集成電路人才培養基地”之一。2004年啟動教育部“985”二期項目，建設—復旦大學微納電子科學技術創新平臺，集微納電子科學前沿研究、集成電路關鍵技術綜合開發、相關人才培養為一體。
經過幾十年的努力，復旦大學在SOC設計，集成電路計算機輔助設計，半導體新工藝，新材料、新器件、微電子機械系統等研究領域取得了豐碩成果并形成了一支有豐富經驗的教學、科研隊伍。定位面向國家重大戰略需求，應用研究達到國內領先水平;瞄準國際前沿科學問題，創新研究達到國際先進水平。
研究院的運作以市場需求和提高國際競爭力為導向，走國際合作辦學和與工業界緊密結合的道路。與數所世界著名高校聯合辦學，培養國際化人才。與國內外知名企業建立聯合實驗室與研發中心，使科研與應用緊密地結合，同時通過企業捐贈、經費支持等方式創造了先進的軟硬件科研環境，極大地提高了開發能力和科研水平。
研究院的發展目標是在微電子領域的學術研究、人才培養和應用技術等方面達到國際先進水平，為未來10年我國從集成電路應用大國過渡到集成電路技術強國作出重大貢獻。