復旦大學藥學碩士(專業學位)設置，是根據國務院學位委員會第二十七次會議精神，藥學被列入2010年新增碩士專業學位授權點的碩士專業學位類別。詣在培養掌握馬克思主義基本原理和中國特色社會主義理論體系，具有良好的政治素質和職業道德，在藥物技術轉化、臨床使用、監管與生產流通等應用領域的高層次、應用型藥學專門人才。
藥學碩士專業學位開設“新藥研究與開發、臨床藥學、臨床試驗數據管理與統計編程”3個研究領域，2011年首次招生30名專業學位碩士。
為了給藥學專業學位碩士研究生提供理想的學習和實踐場所，我院與上藥集團中央研究院、上海睿智化學研究有限公司、和記黃埔醫藥(上海)有限公司及揚子江藥業集團建立了新藥研究與開發實習基地，與復旦大學的5所附屬醫院/教學醫院建立了臨床藥學實習基地，與輝瑞(中國)研究開發有限公司建立了臨床試驗數據管理與統計編程實習基地。目前，與輝瑞(中國)研究開發有限公司的實習基地已進行實質性合作，與其他的基地的合作將在2011年招生的專業學位碩士研究生入學后先后開展。
藥學碩士專業學位研究生采用雙導師負責制。藥學院現有博士生導師24人，碩士生導師 28人，在多年的研究生教育中積累了豐富的經驗。此外，復旦大學擁有多家國內知名的附屬醫院，在臨床藥學研究領域經常進行學術研討和課題合作。輝瑞、上藥集團等知名企業是我院的實習基地。因此，我們擁有一批學術造詣精深、研發成果突出、實踐經驗豐富的高層次的人才隊伍。實行復旦大學藥學院與實習基地的雙導師負責制，能夠更好實現高層次應用型人才地培養。