植物保護學院在原植物保護系的基礎上，于2001年4月成立。其前身為創辦于1940年的福建省立農學院農業生物系植物病蟲害組，1942年正式成立植物病蟲害系(植物保護系)。經過60多年的艱苦創業，現已發展成為3系(植物病理學系、昆蟲學系、制藥工程系)3所(植物病毒研究所、作物病蟲生物防治研究所、生態應用研究所)1室(益蟲及引進研究室)。
學院建有4個部省級重點實驗室：教育部農藥生物化學重點實驗室、福建省植物病毒學重點實驗室、福建省病毒工程與病原生物學重點實驗室、福建省昆蟲生態公共實驗室;2個研究中心(福建植物病毒工程中心、食品生物安全研究中心)。學院主辦《華東昆蟲學報》、《武夷科學》學術刊物。
學院設有植物保護專業(本科)、制藥工程專業(本科)。學院為植物保護一級學科博士、碩士學位授權點，設立7個研究生專業：植物病理學專業(碩士、博士)、農業昆蟲與害蟲防治專業(碩士、博士)、農藥學專業(碩士、博士)、植物檢疫(碩士、博士)、生物防治(碩士、博士)、生態安全(碩士、博士)和植保經濟專業(碩士、博士)。植保學院是國家人事部設立的植物保護博士后科研流動站單位。
學院的植物病理學科是國家重點學科和農業部重點學科。昆蟲學科與植物病理學科為福建省“211工程”重點建設學科。
植物保護學院學術氛圍良好，師資隊伍雄厚，科研成果疊出。擁有一支以中國科學院院士謝聯輝教授為學術帶頭人的師資隊伍。學院教師治學嚴謹、學術民主、團結協作。學院教授(研究員)19人、副教授(副研究員)12人，其中中國科學院院士1人、博士生導師13人、國家有突出貢獻專家2人、國務院特殊津貼專家 12人、國家“百千萬人才工程”一、二層次人選2人、福建省優秀專家6人、“全國百篇優秀博士論文”獲得者1人、“閩江學者計劃”特聘教授1人。
學院自建系以來，已為國家培養博士、碩士、本(專)科畢業生2600人。
學院在植物病毒、植物病理、生物農藥、昆蟲分類、生物防治、昆蟲生態、有害生物綜合治理等方面優勢明顯，科研綜合實力突出。學院注重新興學科的交叉與拓展，積極推進和促進相關的應用技術，如分子生物學高新技術、遺傳工程技術、系統分析技術、環境評價和污染治理技術等，在取得良好的學術成果的同時產生了較高的社會效益和經濟效益。
當前，國際上生物科學技術迅猛發展，國內面臨農業結構的調整和市場經濟的發展，機遇與挑戰并存。植保學院正努力改善科研設施和教學設備，加強基礎研究和應用研究，積極促進各學科的相互交叉和整合，拓展研究領域，形成多學科綜合發展的新局面，學院以學科建設為中心，加快教育改革，探索新形式下的人才培養模式，加強學生綜合應用知識和創新能力的培養，面向經濟建設主戰場，適應市場經濟發展的需要，為21世紀我國高等農業教育和現代農業發展貢獻力量!
學院電話：0591—83789365、83789246
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