藏學研究院是從1951年9月建立的藏語言文學教研室發展、擴建后，于2000年9月成立的。藏語言文學專業是中央民族大學起家專業之一，也是中央民族大學傳統學科之一。1951年6月，中央民族學院成立，為了適應和平解放西藏和其它藏區工作的需要，同年9月由我國藏學的奠基人、著名藏學家于道泉教授親自籌辦，成立了藏語言文學教研室，藏語言文學教研室后來歸屬于1952年成立的中央民族學院少數民族語言文學系（簡稱民語系）；根據上級指示，1981年在中央民族學院成立了全國第一家藏學研究所；1986年6月，民語系分為民語一系、民語二系、民語三系，藏語言文學專業屬民語一系；根據發展，1993年3月，學校決定將藏語言文學專業從民語一系分出，與藏學研究所合并成立了藏學系，是當時全國民族院校唯一的藏學系，2000年9月成立藏學研究院。藏學研究院的誕生，標志著我國藏學的研究和教育事業又進入了一個新的階段，她以藏語言文學專業為主，培養精通藏漢兩種語言的藏學應用型人才，同時瞄準國內外藏學研究的前沿，對藏族歷史、政治、文化、藝術、哲學、宗教、經濟、教育等領域進行全方位的挖掘、整理和研究。
經過半個多世紀的發展，今天的藏學研究院已經成為一個以本科教育為主，同時大量培養博士研究生、碩士研究生、研究生課程班等多層次、多規格的高級藏學人才的培養基地和藏學研究基地。半個世紀以來，藏學研究院已為國家培養了一大批各個層次的藏學專門人才，有的已成為西藏地方各級領導人才，也有的已成為國內外藏學界的知名專家和學者。
藏學研究院下設藏學系和藏學研究所，本科專業為藏語言文學；碩士研究生有藏語言文學、藏族歷史和藏族宗教文化三個專業；博士研究生根據導師的專業方向招生。學院設有語言教研室、文學教研室和綜合教研室三個教研室，另外還設有大藏經與藏傳佛教研究室。管理機構有本科教學工作辦公室、研究生教學工作辦公室、學生管理辦公室、黨團辦公室、行政辦公室等。
藏學研究院擁有一個二級學科博士點，一個碩士點（三個方向）�，F有在校本科生166人，碩士研究生75人，博士研究生24人，留學生6人。
藏學研究院師資力量雄厚，現有專兼職教師25人，在崗專任教師共有15人，其中教授6人，副教授6人，講師3人，博士生導師9人（包括兩位外聘教授），碩士生導師5人，教師中博士2人，在讀博士2人。
藏學研究院是國家“211工程”重點建設的學科和教學單位，承擔“211工程”科研項目2個，此外還承擔了其它國家級、省部級科研項目。