2007年8月16日，在上海合作組織比什凱克元首峰會上，俄羅斯時任總統普京倡議成立“上海合作組織大學”，得到各成員國的一致贊同。
上海合作組織大學多邊合作的法律基礎有三個層面：
上海合作組織大學的法律基礎
一、政府層面，2006年6月15日在上海簽訂了《上海合作組織成員國政府間教育合作協定》;
二、政府教育主管部門層面，2008年10月23日在阿斯塔納簽訂了《上海合作組織成員國教育部關于為成立上海合作組織大學采取進一步一致行動的意向書》;
三、學校層面，2010年4月26日在莫斯科簽訂了《哈薩克斯坦共和國、中華人民共和國、吉爾吉斯共和國、俄羅斯聯邦和塔吉克斯坦共和國高等學校關于成立上海合作組織大學的合作備忘錄》。
2008年初，俄方提出組建上海合作組織大學的構想。構想的目標是組建一個成員國高校間的非實體合作網絡，搭建合作平臺，旨在加強成員國之間的教育合作與交流，促進成員國學生和人員流動。
上海合作組織大學進展情況
該構想經上海合作組織成員國教育專家工作組會議討論，于2008年10月提交上海合作組織成員國五方教育部長會議審議通過。
2009年上半年，成員國五方協商一致，共同確定區域學、生態學、能源學、IT技術和納米技術等五個專業為優先合作方向，并按照基本的要求和標準遴選出了本國的項目院校，其中哈薩克10所、吉爾吉斯7所、中國10所、俄羅斯16所、塔吉克10所，共計53所。
2010年9月23日，第三次上海合作組織成員國教育部長會議通過，上海合作組織大學項目院校增至62所，其中哈薩克13所、吉爾吉斯8所、中國15所、俄羅斯16所、塔吉克10所。
中方的15所項目院校為：納米技術—北京大學、清華大學、華中科技大學;生態學—蘭州大學、山東大學、東北師范大學;IT-技術—吉林大學、長春理工大學;區域學—北京外國語大學、首都師范大學、新疆大學、黑龍江大學;能源學—華北電力大學、中國石油大學(北京)、哈爾濱工業大學。
為加強與各方項目院校的合作與聯系，中方確定了本方各合作方向的牽頭項目院校，并將其項目負責人、聯絡人姓名及其聯系方式通報了成員國各方。中方其他項目院校的項目負責人、聯絡人姓名及其聯系方式也已同時通報成員國各方。
成員國五方項目院校將按照協商一致的教學大綱和培養計劃，聯合培養成員國各國所需的高水平專業人才，為上海合作組織各領域的合作提供人力資源保障。目前，成員國五方決定，準備充分的項目院校首先在2010- 2011年度在碩士階段招生，并按照各專業協商的教學計劃和大綱進行教學。學生在碩士階段第三學期按照兩校間簽署的合作協議到合作伙伴院校交流學習，畢業后獲本校學位證書，同時上海合作組織大學頒發學習證明(標明學時、學分、學習地點等基本信息)。
2008年12月9日，首都師范大學和莫斯科國立語言大學共同舉辦了“上海合作組織成員國語言類高校教育合作互動前瞻：上海合作組織大學方案框架下共同教育計劃的制定與實施”國際研討會，提出了 “上海合作組織成員國高校語言與跨文化交際”創新教育計劃。
2009年5月26日，“上海合作組織成員國第二屆‘教育無國界’教育周及首屆大學校長論壇”在莫斯科大學舉行，期間中外有關項目院校在莫斯科語言大學簽署了“上海合作組織成員國人文大學聯盟”協議及章程。
2009年11月17日，中國教育部和俄羅斯教育科學部在北京聯合召開了“上海合作組織大學中俄雙方項目院校工作會議”，研究并通過了上海合作組織大學組建和運行的組織原則、學分學歷認證、法律法規、財務制度、協調機制，并一致同意在上海合作組織各成員國內建立項目院校校長理事會。
2010年4月26日，“上海合作組織成員國第三屆‘教育無國界’教育周”在莫斯科舉行，各成員國項目院校代表簽署了“上海合作組織大學多邊教育合作創新機構”備忘錄和紀要，協商了雙邊合作協議草案，確定了碩士研究生的培養方案、教學計劃和相關課程設置，一致同意于2010年下半年率先啟動“區域學”專業碩士研究生的招生程序。
2010年7月20日，“上海合作組織大學‘區域學’中方項目院校第一次工作會議”在新疆大學召開，就制定聯合培養方案等一系列重要的技術問題達成了共識。
2010年9月23日，“上海合作組織大學：從一體化到創新發展”國際會議在俄羅斯聯邦新西伯利亞市舉行，中國教育部袁貴仁部長率中方項目院校20人代表團赴會，各國教育部長共同簽署了“部長會議紀要”和“關于進一步共同行動成立上海合作組織大學的紀要”，發表了部長會議聯合公報。
2010年11月10日，“中俄人文合作委員會教育合作分委會第十次會議”在北京舉行，中國教育部副部長郝平和俄羅斯教育科學副部長羅巴諾夫就創建上海合作組織大學等議題達成一致意見。
2010年11月30日，為加強上海合作組織大學中方項目院校建設，教育部國際合作與交流司成立了“上海合作組織大學中方內部協調機制”秘書處，并下發了《上海合作組織大學中方內部協調機制秘書處組成的通知》(教外司歐亞[2010]1524 號)，要求秘書處即著手開展工作，各項目院校積極予以配合。
2010年12月17日，“上海合作組織大學‘生態學’中方項目院校第一次工作會議”在蘭州大學召開，就制定聯合培養方案等一系列重要的技術問題達成了共識。
2011年3月2日，“上海合作組織成員國教育專家會議”在上海合作組織秘書處(北京)召開，對《上海合作組織成員國間關于創建上海合作組織大學的協定》、《上海合作組織大學章程》、《碩士研究生聯合培養方案的協調辦法》、《上海合作組織大學學歷證書附件》等一系列重要文件進行了討論，并形成草案，提交各成員國項目院校征詢意見。
2011年3月12日，上海合作組織大學中方內部協調機制秘書處向教育部國際合作與交流司提交了《中方項目院校2011年工作計劃》，積極開展上海合作組織大學中方項目院校的各項工作。