為進一步推進首都基礎教育現代化，促進首都基礎教育均衡發展，實現北京成為首善之區的發展目標，強化首都師范大學為社會服務職能，不斷探索為首都基礎教育可持續發展服務的新途徑、新形式，加大服務力度，突出服務特色，提高服務質量，形成多層次、全方位、綜合化、立體式的基礎教育服務體系，首都師范大學于2006年12月成立首都基礎教育發展研究院。
首都基礎教育發展研究院是集科學研究、人才培養、社會服務于一體的綜合性教育服務機構。研究院立足校內資源，充分整合學校為北京市基礎教育服務的各個項目和相關機構，統一規劃，統一組織，統一管理;廣泛聚合北京市優質教育資源，建立精良的基礎教育研究與服務隊伍，加強國際、國內交流與合作，構建開放式的合作平臺。
首都基礎教育發展研究院下設基礎教育研究中心、教師教育研究中心和教育咨詢與項目開發研究中心。主要負責教育服務理論和實踐的研究、本市基礎教育現狀、發展趨勢和課程改革等問題的研究，為北京市政府基礎教育決策提供咨詢。研究院成立后，原“首都師范大學基礎教育研究所” 同時撤銷，其相關職能并入首都基礎教育發展研究院，原“教育部首都師范大學基礎教育課程研究中心”掛靠在“基教院”。
首都基礎教育發展研究院在加強服務于首都基礎教育的同時，承擔培養具有學科特色的碩士和博士研究生的培養任務。