上海市共有14所二本大學參與了2016上海二本大學排名，其中排名第一的是第二軍醫大學，排名第二的是上海中醫藥大學，排名第三的是上海海洋大學，排名前10的大學還有上海海事大學、上海工程技術大學、上海電力學院、上海應用技術學院、上海立信會計學院、上海第二工業大學、上海政法學院，以下是上海二本大學排名2016具體榜單：
| 上海二本大學排名 | 全國排名 | 學校名稱 | 學校類型 |
| 1 | 60 | 第二軍醫大學 | 醫藥 |
| 2 | 157 | 上海中醫藥大學 | 醫藥 |
| 3 | 203 | 上海海洋大學 | 農林 |
| 4 | 242 | 上海海事大學 | 理工 |
| 5 | 288 | 上海工程技術大學 | 理工 |
| 6 | 301 | 上海電力學院 | 理工 |
| 7 | 335 | 上海應用技術學院 | 理工 |
| 8 | 387 | 上海立信會計學院 | 財經 |
| 9 | 418 | 上海第二工業大學 | 理工 |
| 10 | 423 | 上海政法學院 | 政法 |
| 11 | 433 | 上海金融學院 | 財經 |
| 12 | 433 | 上海電機學院 | 理工 |
| 13 | 443 | 上海海關學院 | 政法 |
| 14 | 477 | 上海商學院 | 財經 |
【第二軍醫大學簡介】
第二軍醫大學(The Second Military Medical University)全稱“中國人民解放軍第二軍醫大學”，是中國人民解放軍總后勤部直屬的一所為軍隊培養醫學專門人才及衛生管理干部的全國重點醫科大學，是國家“211工程”重點建設院校之一，是“2110工程”和總后“530工程”重點建設院校，教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點高校。
第二軍醫大學創建于1949年9月，時稱“華東軍區人民醫學院”。1950年改稱上海軍醫大學;1951年7月正式定名為第二軍醫大學。
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一級學科
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二、三級學科
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名稱
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數量
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名稱
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數量
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基礎醫學*
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2個
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人體解剖與組織胚胎學
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26個
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免疫學**
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病原生物學**
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病理學與病理生理學
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法醫學
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放射醫學
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航空、航天與航海醫學**
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藥學*
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藥物化學**
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藥劑學
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生藥學
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藥物分析化學
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微生物與生化藥學
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藥理學**
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生理學**
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遺傳學**
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內科學（消化系�。�**
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影像醫學與核醫學**
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外科學（普外）**
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外科學（骨外）**
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外科學（泌尿外）**
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外科學（胸心外）**
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外科學（神外）
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外科學（整形）
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外科學（燒傷）**
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外科學（野戰外）
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中西醫結合臨床**
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| 后方專業勤務 | 軍事航海醫學 | 軍事預防與防護醫學[6] |
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病原生物學 |
藥物化學 |
外科學 |
社會醫學與衛生事業管理 |
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內科學（腎�。� |
護理學 | 腫瘤學[6] |
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