阿米巴經營要著眼于每一個員工的利益和發展。阿米巴的發展能為每一位員工創造財富、價值和快樂，真正地實現個人和阿米巴組織的共贏。
阿米巴經營并不強調經濟獎勵，因為這會激勵各阿米巴組織去爭搶有限的設備資源和人力資源等。結果將使得企業整體效益變差，而阿米巴經營要的是整體效益。
1. 通過人人成為經營者，員工在工作中感受人生的意義和成功的喜悅
阿米巴經營要營造“人人成為經營者”的工作氛圍，使全體員工共同參與經營成為可能。如果全體員工能夠積極參與經營，在各自的崗位上主動發揮自己的價值，履行自己的職責，那么他們就不僅僅是單純的勞動者，而將成為并肩奮斗的伙伴，并會具有作為經營者的意識。
阿米巴經營的全員參與，實際上是激活了阿米巴組織的活力，激勵全體員工為了阿米巴的發展而齊心協力地參與經營，有自我認同和成就感，都成為阿米巴的經營者，最終形成一個員工和阿米巴緊密地綁在一起，從而消除勞資雙方的對立，又能最大限度地發揮每個人的積極性和主動性，如此一來，每當履行了自己在工作的職責之后，就會在工作中感受人生的意義和成功的喜悅。
2. 關注整體效益，追求附加價值的最大化
阿米巴關注整體效益，追求附加價值的最大化。在阿米巴經營中，阿米巴設定的經營目標不是成本而是生產量和附加值。核心點是以最少成本、費用，實現最大業績的阿米巴經營團隊，關注點在于阿米巴團隊創造的附加值。
當然，每個阿米巴的經營業績會有差別，但公司并不因此在工資、獎金上有差別待遇。對業績好的阿米巴組織只是做些表揚，頒贈紀念品等，對阿米巴團隊更為注重精神獎勵。對經營業績不佳的阿米巴組織，公司會嚴格追究責任。
阿米巴經營既提高了員工的成本意識和經營頭腦，又提高了員工的職業道德和個人素質，并且對經營業績進行全局把握。
3. 阿米巴經營模式強調員工的幸福感，把員工的發展放在首位
阿米巴經營模式強調員工的幸福感，把員工的發展放在首位，這也是阿米巴經營模式的魅力所在。
在日本京瓷公司，稻盛和夫把追求員工及其家庭的幸福，作為公司第一目標。位列第二的目標是為了協作商的員工及其家庭的幸福，第三目標是為了客戶，第四目標 是為了社區，第五目標才是為了股東。這個目標序列，很大程度上代表稻盛和夫經營哲學的內涵。這也是實行阿米巴經營最重要的一道關。