我國的中小企業普遍存在一些問題，這這些問題中，人才流失已成為影響我國中小企業發展的重大問題。 目前我國中小企業薪酬管理存在的問題主要有以下幾個方面：
第一，概念性上的錯誤
很多中小企業首先考慮的是怎么樣去最大程度降低成本，結果造成企業只考慮壓縮員工的薪酬，以至于拖欠員工的工資、雇傭童工、不依法給員工繳納相應的保險等情況也時有發生。事實上,薪酬對于企業來說不僅僅是成本,而且也是幫助企業實現其目標的重要手段。企業可以通過薪酬來影響員工的績效,以合理的薪酬作為激勵手段,有效地提高員工的績效。薪酬定位的錯誤,必然影響員工的工作效率、工作態度和對企業的歸屬感,從而造成人才流失,制約企業戰略目標的實現。
第二，薪酬體系不夠完善科學
部分中小型企業在工資體系管理方面存在著很多的問題,并沒有形成科學合理的薪酬管理體系, 薪酬結構比較的零散混亂。有些企業是由領導隨意確定員工的工資標準, 對于員工的各種工資性項目的核算缺乏比較明確的科學依據方法,導致員工自身對公司薪酬體系處在不明朗的理解狀態。有時基本薪酬與績效獎金的比例失衡，也會讓薪酬體系沒有發揮出預期的激勵效果。
第三，薪酬分配缺乏公平合理性, 獎懲不公
一般而言,中小企業管理者能注意到薪酬設計結果的公平,但卻往往會忽視薪酬評定程序的公平性。多數中小民營企業內部薪酬管理體系不規范, 薪酬標準混亂,同工不同酬或同酬不同工現象嚴重。這種暗箱操作的做法,使員工難以相信自己所得薪酬的相對公平性,從而使薪酬制度達不到原有的激勵效果。不同的崗位對企業的貢獻表現方式不同,有的出成績較快,有的工作成果往往在短期內難以得到體現,但對于企業的長遠發展有決定性的影響。實際工作中有許多中小企業往往重視員工對企業當前的貢獻,而管理方面只由老板一個人說了算,帶有很大的隨意性和偶然性,缺乏科學性、合理性與合法性,進而加深企業管理者與員工之間的矛盾。同時,這種老板拍板式的薪酬制度在具體操作中帶有很大的主觀性,因為憑借老板的主觀臆斷決定員工的薪酬的分配與晉升,當企業規模較大時,老板很難了解每個人的績效,實施起來就比較困難。
第四，管理層與基層員工的薪資懸殊太大
最近幾年, 我國的貧富差距越來越大, 其中很重要的一個原因是由于企業高層與底層員工之間薪酬待遇差距較大而引起, 并且還有繼續擴大的趨勢。差距一旦過大后, 就會引起一系列問題的出現。員工不滿情緒高漲, 出現新的不可預料的矛盾等等。其實企業用年薪制這種薪酬模式來激勵、留住高級管理人才并不是不可取的, 只是在實際運用中往往出現了一些偏差, 不切實際的現象時有發生。這對企業的發展來說相當不利。比如說, 一個年年都入不敷出或利潤都不怎么高的企業, 高管人員的薪酬過高的話, 就會給企業帶來沉重的經濟負擔。近幾年, 雖然我國人民經濟水平有所提高, 員工的總體工資水平有了很大的提升, 但是, 絕大數工人、底層員工的工資水平漲幅很不明顯, 多數企業還在使用廉價的勞動力進行生產。高層薪酬高漲而低層薪酬不漲或漲幅很小, 進一步拉開了二者之間的薪酬差距。
此外，還有一些中小企業家認為采用高工資、厚福利等物質激勵就可以引進和留住人才。事實上，采用提高工資、改善福利等手段進行物質獎勵，在短期內能夠取得一定效果，但再高的待遇也不可能使人得到絕對的滿足。
人才最重視的是個人發展的機會,其次是成就感,再次才是高工資等物質的因素。不少中小企業重視高薪投資引進人才,但是卻忽略了為人才創造發揮才能的寬松環境,使得不少人才發出“英雄無用武之地”的感慨。