KPI和目標管理雖然都是把目標加以數量化，但兩者本質上最大的差異就是，KPI是比較策略性的，所以通常都是屬于公司的重大目標；而MBO則不一定，但通常多數情況下、會偏向例行性的工作。
為達成今年度的營運目標，A公司上自總裁、總經理、各部門主管，到最基層的工作人員，早在年初之前就花了三個月以上的時間，即訂出多數員工的KPI（Key Performance Indicators，關鍵指標），并于每季追蹤檢討。B公司為提升部門效率，創造產值，則是由每位員工設定了每月要達成的目標，以落實目標管理（Management by Objectives；MBO）。
乍看之下，兩家公司談的似乎是同一件事，就是把目標加以數量化。但是，KPI和MBO的在執行精神上，其實可以做出部分的區隔。KPI具備高度的策略性，一定是公司的重大目標；但MBO則不一定，就數量上而言，大多數會比較偏向于經常性或例行性的工作。
例如，總機訂定每天接聽電話時的效率及服務質量目標，通常如果沒有達到，對公司營業可能不會有重大影響；然而，如果公司希望每年應該開發的新產品數量、時程表、質量與功能目標，若此的未能達成，就會嚴重影響公司的產品力、客戶訂單數量、市場占有率，甚至于公司股價，進而對公司的營運策略能否成功產生重大影響。
根據上述，前者應屬于目標管理，后者則為KPI。當然就重要性來說，KPI比較重要，因為通常KPI做得好，對公司在長短期獲利、營運各方面就會有正面與積極的效果；反之，部分的MBO即使做得不好，對公司營運也不會有全面性的重大影響。
如何訂出KPI與MBO？
所以有些企業在訂目標時，可分成兩個層次：KPI與MBO；KPI是依公司的使命、愿景、策略、關鍵成功因素等逐級展開；MBO則由各單位主管與部屬針對部門運作或個人職責范圍內所要負責的工作項目訂定績效目標。
舉例來說，某企業在其KPI與MBO的區分上，副總、處長、協理級及其以上主管，因為要對公司的策略規畫與執行承擔成敗責任，在其績效內容上便沒有所謂的MBO，而且是由KPI占其績效項目的100%；副總、處長、協理級以下的經副理級，因為除了策略執行外還要監督所屬部門的例行營運性工作，所以是KPI與MBO各占績效內容的50%；而課、組長級，由于是以肩負例行性工作為主，所以MBO會占績效指標的70%～80%，而KPI可能只占20%～30%。
至于基層員工則因其負責范圍與策略性指針工作項目關系的強弱或深淺程度不同而有所差異，例如某研發工程師就會有KPI的績效項目，并占30%～40%的高成分比重，但總機或數據裝訂傳遞人員等基層員工，則不會有KPI，例行性的MBO將占100%。
一個同時實施目標管理與平衡計分卡（BSC-Balanced Score Card）的組織，員工從上到下加起來或許會有上千個MBO，但最重要的KPI項目可能只有3～7個。一般來說，MBO多數是由員工根據自己的權責范圍訂定之，當然有時在訂定過程中會參考主管的指示，但多數是由員工先行設定、再交由主管審核修正。